L’Istituto Lombardo fu fondato nel 1797 da Napoleone Bonaparte che, nella Costituzione della Repubblica Cisalpina (art. 297), stabilì la nascita di un Istituto nazionale «incaricato di raccogliere le scoperte e di perfezionare le arti e le scienze», su modello dell’Institut de France. Nel 1810, Napoleone fissò la sede dell’Istituto a Milano, nel palazzo di Brera.

Dopo la caduta di Napoleone, nel 1838 il Governo austriaco divise l’Istituto nazionale in due enti con vita autonoma, i quali continuano a collaborare ancora oggi: l’Istituto Veneto con sede a Venezia e l’Istituto Lombardo con sede a Milano.

Nel 1859 l’Istituto passò al governo italiano e acclamò quale suo presidente Alessandro Manzoni, che fu poi nominato presidente onorario. Con decreto del 1863, Vittorio Emanuele II approvò il nuovo regolamento dell’Istituto eliminando la menzione alle arti. Furono stabilite, quindi, due classi: Classe di scienze matematiche e naturali e Classe di lettere e scienze morali e politiche.

Nel 1935 l’Istituto cessò di essere statale. La guerra e i bombardamenti, che nel 1943 devastarono Milano, imposero una momentanea sospensione delle attività e delle adunanze; mentre le epurazioni fasciste videro l’allontanamento di alcuni membri dall’Istituto.

Nel 1959 l’Istituto Lombardo acquisì una seconda sede nel prestigioso palazzo Landriani, confinante con il complesso di Brera, dove l’Accademia continuava e continua tutt’oggi a mantenere la Sala Adunanze e alcuni depositi.

Tra i membri che hanno fatto parte dell’Istituto si annoverano illustri personaggi come lo stesso Napoleone, Alessandro Volta, Vincenzo Monti, Alessandro Manzoni, Carlo Cattaneo, Achille Ratti (futuro papa Pio XI), e molti altri. L’Istituto vanta inoltre, fra i propri associati, quattro Premi Nobel italiani: Camillo Golgi, Giosuè Carducci, Giulio Natta ed Eugenio Montale.

L’Istituto Lombardo oggi è un’associazione privata riconosciuta, che ha per scopo lo sviluppo degli studi, della ricerca scientifica di base e applicata, la tutela e la valorizzazione del proprio patrimonio archivistico e librario. In particolare, organizza e promuove convegni, incontri di studio e cicli di lezioni aperti al pubblico, svolge attività editoriale scientifica, organizza corsi di formazione, istituisce e assegna premi alla ricerca, alla didattica, di laurea e borse di studio, apre quotidianamente al pubblico il proprio archivio e la propria biblioteca, costituiti rispettivamente da cento fondi archivistici e 500.000 volumi, risalenti fino al 1500.